Ειδικότερα οι ιαματικές πηγές των Μεθάνων, κατέχουν εξέχουσα θέση στην μακραίωνη ιστορία τους, από την αρχαιότητα μέχρι σήμερα, για τις ευεργετικές ιδιότητες τους στην υγεία και τον καλλωπισμό. Ήταν γνωστές από τους αρχαίους χρόνους και μερικές χρησιμοποιούνταν και τότε. Τούτο μαρτυρεί κείμενο του Παυσανία, που φαίνεται ν' αναφέρεται στις πηγές στην περιοχή του Αγίου Νικολάου (Παλαιών Λουτρών) από τον οποίο πήραν και το όνομά τους "Λουτρά του Παυσανία". Κατά τον αρχαίο περιηγητή εμφανίστηκαν επί της εποχής του Αντιγόνου του Γονατά (277-240 π.Χ), μετά την έκρηξη της Καμμένης. Υπήρχαν λουτήρες ενώ σώζονται λείψανα δεξαμενής Ρωμαϊκής εποχής. Επίσης κείμενο του Λατίνου ποιητή Οβίδιου (1ος αιώνας π.Χ) και του γεωγράφου Στράβωνα (1ος αιώνας π.Χ) μαρτυρούν την πανάρχαια ύπαρξη των ιαματικών πηγών της Χερσονήσου. Η οργανωμένη χρήση των Πηγών για Ιαματικούς σκοπούς αρχίζει από το τέλος του 19ου αιώνα. Στις αρχές της δημιουργίας του Ελληνικού κράτους , ο αρχίατρος του Βασιλιά 'Οθωνα Κ. Βούρος έστειλε στο Μόναχο δείγμα νερού προερχόμενο από τις πηγές των Μεθάνων. Την ανάλυση του δείγματος αυτού έκανε ο Γερμανός Καθηγητής Liebig. Κατά το έτος 1860 ο ειδικός επί των ιαματικών πηγών Α. Ζυγομαλάς εξέτασε και περιέγραψε τις θειούχες αλιπηγές. Τις αναλύσεις αυτές συνέχισε ο Καθηγητής Α. Δαμβέργης (το 1887) ενώ το 1910 σε συνεργασία με τους Β. Αιγινήτη και Τ. Κομνηνό προσδιόρισε την ραδιενέργεια αυτών. Εμπεριστατωμένη εξέταση των πηγών και ανάλυση των υδάτων έκανε επίσης και ο χημικός Μ. Περτέσης (έτος 1922). Η χρήση των θειούχων αλιπηγών των Αγίων Αναργύρων ξεκίνησε το έτος 1870.

Στις αρχές οι λουόμενοι επισκέπτες προσέρχονταν εντός των λάκκων στους οποίους έτρεχε απ' ευθείας από τις πηγές ιαματικό νερό. Μετά από μερικά χρόνια κατασκευάστηκαν και διαρρυθμίστηκαν δώδεκα μεμονωμένες μικρές δεξαμενές και δυο κοινές μεγάλες (λούμπες). Σ' αυτές το νερό έτρεχε απευθείας από τις πηγές. Για τη χρήση των θερμών θειούχων λουτρών κατασκευάσθηκαν το 1906 δυο κτίρια με δέκα μαρμάρινους λουτήρες. Τα κτίρια αυτά βρίσκονται, δίπλα στο σημερινό κτίριο των "φυσικών λουτρών" και στην πηγή Παπαματθαίου αντίστοιχα, που σήμερα βρίσκεται το ξενοδοχείο " Αι Πηγαί". Το έτος 1930 ανεγέρθη το υδροθεραπευτήριο των θειούχων πηγών του Δημοσίου με 40 μαρμάρινους λουτήρες και τέλος το 1936 ανεγέρθη το υδροθεραπευτήριον "Αι Πηγαί" του Διαμαντόπουλου με 22 μαρμάρινους λουτήρες. Στους σεισμούς του 1922 τα νερά των πηγών εξαφανίσθηκαν, προσωρινά, ενώ μετά από ενα ημίωρο επανήλθε κανονικά η ροή τους. Μετά το γεγονός αυτό παρατηρήθηκε αύξηση της θερμοκρασίας των υδάτων κατά 1-2 βαθμούς. Η συστηματική εκμετάλλευση των χλωρονατριούχων πηγών του Αγίου Νικολάου άρχισε το έτος 1904. Το 1912 κατασκευάστηκε το πρώτον υδροθεραπευτήριο του Αγίου Νικολάου με 16 λουτήρες. Στο Υδροθεραπευτήριο αυτό έγινε ριζική ανακαίνιση και επέκταση σύμφωνα με το πρόγραμμα ανασυγκρότησης, χρηματοδοτούμενο από το σχέδιο "Μάρσαλ".  Σήμερα, οι Ιαματικές πηγές έχουν περάσει στην ιδιωτική πρωτοβουλία, ώστε να αναπτυχθούν περαιτέρω και να βοηθήσουν στην τουριστική και συνεπώς οικονομική αναβάθμιση της περιοχής.